Nei casi in cui si ha intenzione di installare il sistema per poi clonare il disco, è consigliabile (prima di installare) fare la formattazione "completa" del disco, non quella veloce, in modo da avere un'immagine di backup più piccola. Perché, i programmi che clonano a livello di intero disco e spesso di partizione, fanno sicuramente una copia bit a bit del disco e poi la comprimono con qualche algoritmo di compressione. Quindi non possono distinguere tra file cancellati e non, e clonando un disco con una "storia" di formattazioni veloci, ci si porta dietro un sacco di byte che non ci servono.

Dipende dai tool e dai filesystem. Se il filesystem è supportato dal tool, allora sarà possibile riconoscere lo spazio utilizzato e backuppare solo quello; invece se il filesystem è sconosciuto, si può ottenere una immagine bit a bit compressa. (come un dd + tgz da linux).

Sì esatto. Io più che altro sono abituato as usare dd+tgz come detto da te, quindi non so se e quali applicazioni per windows lavorano a livello di filesystem. Effettivamente la cosa più conveniente per applicazioni di questo genere è clonare mbr e tabella della partizioni e poi comprimere i files e non le partizioni...